ในการจัดทำอัตราค่าบริการสาธารณสุขเพื่อใช้สำหรับการเบิกจ่ายค่ารักษาพยาบาลในสถานพยาบาลของทางราชการ กระทรวงการคลังโดยกรมบัญชีกลางได้จัดทำโดยอาศัยข้อมูลที่กระทรวงสาธารณสุข ใช้ในการกำหนดอัตราค่าบริการ ของสถานบริการสาธารณสุขในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. 2547 เป็นฐานในการคำนวณ เนื่องจากมีความครอบคลุม และได้เชิญผู้แทนจากสถานพยาบาลในสังกัดต่างๆ ซึ่งได้แก่ สถานพยาบาลในสังกัดโรงเรียนแพทย์ กระทรวงกลาโหม กระทรวงสาธารณสุข

ค่าบริการทางทันตกรรม หมายถึง ค่าบริการในการรักษาทางทันตกรรมตามรายหัตถการหรือรายโรค โดยการคิดค่าบริการให้คิดครอบคลุม ค่าเครื่องมือ ค่ายาพื้นฐานที่ใช้ และวัสดุสิ้นเปลืองด้วย

ทั้งนี้ ค่าบริการทางทันตกรรมที่เบิกได้ต้องเป็นไปเพื่อการรักษาพยาบาลการเจ็บป่วยหรืออุบัติเหตุ เช่น การถอนฟัน อุดฟัน ขูดหินปูน การจัดฟันเฉพาะกรณีประสบอุบัติเหตุ (โดยให้มีหนังสือรับรองแสดงเป็นหลักฐานประกอบการเบิกจ่าย) การพิมพ์ปาก เพื่อการรักษา

สำหรับค่าจัดฟัน ค่าใส่เดือย ค่าฟันเทียม ค่าครอบฟัน และการทำหัตถการเพื่อเป็นการป้องกัน (เช่นการเคลือบหลุมร่องฟัน เคลือบฟลูออไรด์) เบิกไม่ได้

1. ให้คณะกรรมการบริหารโรงพยาบาลกำหนด และประกาศอัตราค่า LAB ตามรายการ เป็นประจำทุกปี โดยสามารถคิดเพิ่มจากต้นทุนค่า LAB ได้ไม่เกินร้อยละ 10 (ในผู้ป่วยอุบัติเหตุที่ใช้บริการทันตกรรมประดิษฐ์)
2. ค่าบริการทันตกรรมใดที่ไม่ได้กำหนดไว้ในอัตราค่าบริการนี้ ไม่สามารถเบิกจ่ายได้

ในการจัดทำอัตราค่าบริการสาธารณสุขเพื่อใช้สำหรับการเบิกจ่ายค่ารักษาพยาบาลในสถานพยาบาลของทางราชการ กระทรวงการคลังโดยกรมบัญชีกลางได้จัดทำโดยอาศัยข้อมูลที่กระทรวงสาธารณสุขใช้ในการกำหนดอัตราค่าบริการของสถานบริการสาธารณสุขในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. 2547 เป็นฐานในการคำนวณ เนื่องจากมีความครอบคลุม และได้เชิญผู้แทนจากสถานพยาบาลในสังกัดต่างๆ ซึ่งได้แก่ สถานพยาบาลในสังกัดโรงเรียนแพทย์ กระทรวงกลาโหม กระทรวงสาธารณสุข เข้าร่วมพิจารณาด้วย โดยอัตราค่าบริการดังกล่าว ประกอบด้วย

1. ต้นทุนแรงงาน (Labor Cost: LC) คิดเฉพาะค่าตอบแทนที่เป็นเงินนอกงบประมาณ โดยคิดในอัตราร้อยละ 50 จากต้นทุนแรงงานของกระทรวงสาธารณสุข
2. ต้นทุนวัสดุ (Material Cost: MC) คิดจากวัสดุที่สถานพยาบาลต้องใช้ในการให้บริการในกิจกรรมนั้นๆ
3. ต้นทุนครุภัณฑ์ สิ่งก่อสร้าง (Capital Cost: CC) คิดจากค่าเสื่อมราคาของเครื่องมือแพทย์และอาคารที่ใช้ในการให้บริการในกิจกรรมนั้นๆ โดยเครื่องมือแพทย์คิดค่าเสื่อมราคาตามอายุการใช้งานของเครื่องมือแต่ละประเภท ส่วนอาคารสิ่งก่อสร้างคิดค่าเสื่อมราคาจากอายุการใช้งาน 25 ปี
4. ต้นทุนค่าบริหารจัดการ (Overhead Cost) คิดจากร้อยละ 20 ของต้นทุนรวม LC, MC และ CC ซึ่งเป็นต้นทุนทางตรง ค่าบริหารจัดการเป็นต้นทุนทางอ้อมที่เกิดจากการใช้ทรัพยากรร่วมกันของทุกแผนกในโรงพยาบาล เช่น ค่าสาธารณูปโภค ซึ่งปกติในการคำนวณจะต้องมีการกระจายต้นทุน (ปันส่วน) จากหน่วยสนับสนุนทุกหน่วยเข้าสู่หน่วยผลิตแต่ละหน่วยเป็นสัดส่วนตามชั่วโมงการทำงาน กิจกรรม และในกรณีที่ไม่สามารถกระจายต้นทุนได้ตามที่ใช้จริง สามารถคิดจากต้นทุนทางตรงได้
5. ต้นทุนการพัฒนา (Future Development Cost) เป็นกำไรเพื่อใช้ในการพัฒนา ขณะนี้คิดในอัตราร้อยละ 20-25 ของต้นทุนรวม LC, MC, CC และ Overhead Cost (ขึ้นกับนโยบายซึ่งอาจมีการเปลี่ยนแปลงได้) สำหรับค่ายาให้เบิกจ่ายโดยบวกเพิ่ม (Mark up) เป็นขั้น (Step) เพื่อความเหมาะสมจากราคาต้นทุนต่อหน่วย เนื่องจากในการคิดอัตราค่าบริการได้รวมต้นทุนและกำไรไว้แล้ว จึงไม่จำเป็นต้องนำกำไรจากค่ายาไปอุดหนุนค่าบริการรายการอื่น

อัตราค่าบริการสาธารณสุขเพื่อใช้สำหรับการเบิกจ่ายค่ารักษาพยาบาลในสถานพยาบาลของทางราชการ แบ่งออกเป็น 16 หมวด ตามการจำแนกหมวดรายจ่ายประเภทผู้ป่วยใน ซึ่งได้แก่

หมวดที่ 1 ค่าห้องและค่าอาหาร

หมวดที่ 2 ค่าอวัยวะเทียมและอุปกรณ์ในการบำบัดรักษาโรค

หมวดที่ 3 ค่ายาและสารอาหารทางเส้นเลือด

หมวดที่ 4 ค่ายากลับบ้าน

หมวดที่ 5 ค่าเวชภัณฑ์ที่มิใช่ยา

หมวดที่ 6 ค่าบริการโลหิตและส่วนประกอบของโลหิต

หมวดที่ 7 ค่าตรวจวินิจฉัยทางเทคนิคการแพทย์และพยาธิวิทยา

หมวดที่ 8 ค่าตรวจวินิจฉัยและรักษาทางรังสีวิทยา

หมวดที่ 9 ค่าตรวจวินิจฉัยโดยวิธีพิเศษอื่นๆ

หมวดที่ 10 ค่าอุปกรณ์ของใช้และเครื่องมือทางการแพทย์

หมวดที่ 11 ค่าทำหัตถการและวิสัญญี

หมวดที่ 12 ค่าบริการทางการพยาบาล

หมวดที่ 13 ค่าบริการทางทันตกรรม

หมวดที่ 14 ค่าบริการทางกายภาพบำบัดและทางเวชกรรมฟื้นฟู

หมวดที่ 15 ค่าบริการฝังเข็มและค่าบริการการให้การบำบัดของผู้ประกอบโรคศิลปะอื่น

หมวดที่ 16 ค่าบริการอื่นๆ ที่ไม่เกี่ยวกับการรักษาพยาบาลโดยตรง